Được thành lập theo Quyết định số 14/2001/QĐ-Ttg ngày 12/02/2001 của Thủ tướng Chính phủ về việc tổ chức lại Đại học Quốc gia TP Hồ Chí Minh. Trung tâm được xây dựng trên cơ sở Viện Đào tạo Công nghệ Thông tin Việt Nam do Đại học Quốc gia TP Hồ Chí Minh thành lập từ năm 1997 thuộc Dự án hợp tác kỹ thuật giữa hai chính phủ Việt Nam và Nhật Bản (1997-2002).